Die Sekundarschule Bäretswil beinhaltet drei Abteilungen mit unterschiedlichen Anforderungen und werden mit Sek. A, B und C bezeichnet, wobei A die kognitiv anspruchsvollste ist.
Die Schülerinnen und Schüler werden am Ende der sechsten Primarklasse einer der Abteilungen der Sekundarstufe zugeteilt. Die Zuteilung zu einer Abteilung erfolgt aufgrund einer umfassenden Beurteilung der Leistungen und Fähigkeiten in allen Fächern (Gesamtbeurteilung) im Gespräch mit den Eltern und der Schülerin bzw. dem Schüler. Wird keine Einigung erzielt, entscheidet die für die Sekundarstufe zuständige Schulpflege über die Zuteilung. Die Zuteilung zu einer Anforderungsstufe erfolgt aufgrund einer Leistungsbeurteilung im entsprechenden Fach.
Durchlässigkeit innerhalb der Sekundarstufe besteht darin, dass ohne zeitlichen Verlust eines Jahres von einer Abteilung zur andern gewechselt werden kann. Der Wechsel erfolgt zu bestimmten Terminen. Es finden keine Wechselprüfungen statt.
In der Sekundarstufe werden die Schülerinnen und Schüler befähigt, einen ihren Möglichkeiten entsprechenden Ausbildungsgang in der Berufsbildung zu beginnen oder sie treten an eine Mittelschule über. Die Zusammenarbeit Berufsberatung - Sekundarstufe ist in einem verbindlichen Rahmenlehrplan geregelt.